Analyse und Mobilisierung öffentlich verfügbarer SARS-CoV-2-Daten zur Pandemiebekämpfung
Im Zuge der COVID-19-Pandemie kam es zu groß angelegten Bemühungen zur Genomsequenzierung von Krankheitserregern, die mittlerweile fester Bestandteil der Überwachung und Epidemie-Forschung geworden sind. Dies führte zu einem beispiellosen Datenaustausch in offenen Repositorien, was die Identifizierung der SARS-CoV-2-Struktur, den molekularen Wechselwirkungen, Mutationen und Varianten aktiv unterstützte und die Impfstoffentwicklung sowie Studien und Design zur Wiederverwendung von Wirkstoffen erleichterte. Zur Unterstützung dieses Datenaustauschs wurde die europäische COVID-19-Datenplattform ins Leben gerufen, die zum Upload mehrerer Millionen Reads von SARS-CoV-2-Rohdaten geführt hat. Dr. Björn Grüning und Dr. Wolfgang Maier vom Galaxy Team Freiburg (https://galaxyproject.org/eu, Bioinformatik, Prof. Rolf Backofen) waren an einem Team beteiligt, das jetzt seine Arbeiten veröffentlichte, zu (1) Open Data Sharing, (2) Tools zur Einreichung, Analyse, Visualisierung und Data Claiming (z. B. ORCiD), (3) die systematische Analyse dieser Datensätze im großen Maßstab über die SARS-CoV-2-Data Hubs sowie (4) gewonnene Erkenntnisse. Für die Entwicklung von Galaxy-Workflows für die SARS-CoV-2-Datenanalyse wurde der Europäische Galaxy Server https://usegalaxy.eu genutzt, der mittlerweile über 85.000 Benutzer zählt. Die Publikation beschreibt eine Komponente der Plattform, die SARS-CoV-2 Data Hubs, die den Aufbau und Ausbau einer Infrastruktur ermöglicht, die künftig in größerem Umfang zur Überwachung von Krankheitserregern und Pandemieprävention eingesetzt werden soll.
Eine ausführliche Dokumentation der Aktivitäten rund um die Covid-Datenanalyse, Tools, Workflows und Trainingsmaterial dazu finden sich außerdem auf der Covid-Website des Galaxy-Projekts https://galaxyproject.org/projects/covid19.
Rahman,N. et al. (2024) Mobilisation and analyses of publicly available SARS-CoV-2 data for pandemic responses. Microbial Genomics, 10. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001188
Kontakt:
Dr. Björn Grüning
Leiter des Freiburg Galaxy Teams
Bioinformatik
Institut für Informatik – IIF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: gruening@informatik.uni-freiburg.de
Dr. Anika Erxleben-Eggenhofer
Projektmanagement, Lehr- und Trainingskoordination
Bioinformatik
Institut für Informatik – IFF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: erxleben@informatik.uni-freiburg.de
Kerstin Steiger-Merx
Referentin PR/Marketing
Technische Fakultät
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Tel.: 0761/203-8056
E-Mail: steiger-merx@tf.uni-freiburg.de
27.02.2024