Europäischer Galaxy Server in Freiburg

Seit über 18 Jahren arbeitet das Galaxy-Projekt (https://galaxyproject.org) daran, zentrale Herausforderungen der modernen datenintensiven Forschung zu bewältigen. Dazu gehört die Bereitstellung von Zugang zu hochmodernen Analysemethoden für Forscher*innen, die transparente Bearbeitung und Weitergabe von Analyseergebnissen sowie die präzise Reproduzierbarkeit komplexer Analysen. Galaxy hat sich als eine der größten und weitverbreitesten Open-Source-Plattformen für die Analyse wissenschaftlicher Daten etabliert. 

Das Galaxy-Framework ist eine Open-Source-Plattform für die Datenanalyse nach dem FAIR-Prinzip (FAIR steht für findable, accessible, interoperable, reusable) und Benutzer*innen ermöglicht: 

• Die Nutzung von Tools über eine benutzerfreundliche grafische Web-Oberfläche. Dazu sind keine Programmierkenntnisse erforderlich! 
• Das Programmieren in interaktiven Umgebungen wie RStudio und Jupyter sowie die nahtlose Integration mit anderen Tools und Workflows.
• Das Verwalten, Teilen und Veröffentlichen von Daten, Workflows und Visualisierungen.
• Die Gewährleistung der Reproduzierbarkeit aller Arbeitsschritte durch Erfassung und Speicherung aller Informationen zur Herkunft der Datenanalysen. 

Der Europäische Galaxy Server (https://usegalaxy.eu) ist die größte Galaxy-Instanz in Europa mit über 85.000 Nutzerinnen und Nutzern. Diese Instanz wird im Rechenzentrum der Universität Freiburg gehostet und ist eine von ELIXIR-empfohlene Infrastruktur (RIR) (https://galaxyproject.org/news/2023-12-14-elixir-rir-for-galaxy-europe). Das Freiburg Galaxy Team (https: //usegalaxy-eu.github.io/freiburg/people) unter der Leitung von Dr. Björn Grüning (Bioinformatik, Prof. Rolf Backofen) entwickelt und betreut den Europäischen Galaxy Server seit 2015. Durch die kostenlose Registrierung erhalten Benutzer*innen 250 GB Speicherplatz und Zugriff auf eine riesige Computer-Infrastruktur mit über 3.200 Tools und Workflows. Galaxy bietet Forscher*innen eine leistungsstarke Analyseplattform mit den neuesten Tools und Referenzdatensätzen aus verschiedensten wissenschaftlichen Disziplinen wie z.B.  Lebenswissenschaften, Klimawissenschaften, Astrophysik und Materialwissenschaften. Tool-Entwickler*innen können mithilfe von Galaxy ihre Tools für eine breite Nutzerbasis bereitstellen, während Systemadministrator*innen und Ingenieur*innen ein flexibles Framework erhalten, das in jeder Infrastruktur problemlos eingesetzt werden kann.

Zusammen mit der Galaxy-Infrastruktur bietet das Galaxy Training Network (GTN) (https://training.galaxyproject.org) über 380 Tutorials aus mehr als 30 Bereichen an, die sich an Wissenschaftler*innen, Galaxy-Administrator*innen und –Entwickler*innen richten. Jedes E-Learning-Tutorial umfasst eine Einführung in das Thema, eine detaillierte Schritt-für-Schritt-Anleitung, Videos und Aufzeichnungen sowie Beispieldatensätze. Zu den leicht erlernbaren Themen gehören unter anderem RNA-Seq-Datenanalyse, Klimadatenanalyse, Metagenomik sowie R und Python-Programmierung. Galaxy und das GTN bieten Trainer*innen und Lehrenden eine umfangreiche Materialsammlung und eine Infrastruktur für die Durchführung interaktiver Workshops (https://usegalaxy-eu.github.io/tiaas) für Zielgruppen unterschiedlicher Größe.

Das Freiburg Galaxy Team und der Europäische Galaxy Server werden durch das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg (MWK) im Rahmen des LIBIS/de.NBI Freiburg gefördert. Sie sind Partner von NFDIs wie NFDI4DataPlant (https://www.nfdi4plants.de) und NFDI4Bioimage (https://nfdi4bioimage.de/en/start) sowie dem BMBF-geförderten Verbundprojekt Deutsches Kompetenzzentrum Cloud-Technologien für Datenmanagement und -verarbeitung (de.KCD). Weiterhin gehören sie als Partner verschiedenen Horizont Europe EOSC-Projekten wie EOSC OSCARS (https://oscars-project.eu) und EOSC4Cancer (https://eosc4cancer.eu)) an.  Darüber hinaus sind sie an großen Initiativen beteiligt, darunter ELIXIR-Projekte (https://elixir-europe.org/about-us/how-funded/eu-projects), die European Genomic Data Infrastructure (GDI) (https://gdi.onemilliongenomes.eu), Biodiversity Genomics Europe (BGE) (https://biodiversitygenomics.eu), BY-COVID (https://by-covid.org) und AgroServ. Galaxy wird auch von anderen bedeutenden europäischen Projekten wie OpenAire (https://www.openaire.eu) genutzt. 

Das Freiburg Galaxy Team koordiniert und leitet das Horizont Europe EOSC EuroScienceGateway-Projekt (ESG, https://eurosciencegateway.eu). Dieses Projekt wird ein verteiltes Compute Netzwerk über 13 europäische Länder aufbauen. Es wird über 6 nationale, benutzerfreundliche Webportale den Zugriff auf europäische Infrastrukturen mit Rechenleistung und Speicher erleichtern. Zudem werden Daten, Tools, Workflows und Services bereitgestellt, die an die Bedürfnisse der Forscher*innen angepasst werden können. 

Kontakt: 

Dr. Björn Grüning 
Leiter des Freiburg Galaxy Teams
Bioinformatik
Institut für Informatik – IIF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: gruening@informatik.uni-freiburg.de

Dr. Anika Erxleben-Eggenhofer
Projektmanagement, Lehr- und Trainingskoordination
Bioinformatik
Institut für Informatik – IFF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: erxleben@informatik.uni-freiburg.de

Kerstin Steiger-Merx
Referentin PR/Marketing
Technische Fakultät
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Tel.: 0761/203-8056
E-Mail: steiger-merx@tf.uni-freiburg.de

09.02.2024