Genetische Baupläne von 51 Tierarten entschlüsselt

Forscher am Institut für Informatik veröffentlichen eine neue Studie

Dr. Björn Grüning und Cristóbal Gallardo-Alba vom Galaxy Team Freiburg (https://galaxyproject.org/eu, Bioinformatik, Prof. Rolf Backofen) waren Teil des Teams, das im Rahmen des Vertebrate Genomes Project (VGP, https://vertebrategenomesproject.org) die Genome von 51 Wirbeltierarten sequenzierten, welche geeignete Modellorganismen für die Erforschung der menschlichen Evolution sind. Die Forscher entwickelten neuartige Algorithmen und Computersoftware, die die Dauer der Sequenzierung von Monaten – oder Jahrzehnten im Fall des menschlichen Genoms – auf wenige Tage verkürzen. Säugetiere, eine Untergruppe der Wirbeltiere, zu der Primaten, Hunde, Katzen, Mäuse und Menschen gehören, haben 50 bis 99 % identische DNA und fast alle Gene eines gemeinsamen Vorfahren, der vor etwa 200 Millionen Jahren lebte. Durch den Vergleich der vollständigen Genome dieser Arten können Forscher damit beginnen, DNA-Sequenzen zu identifizieren, die voneinander abweichen und welche Auswirkungen diese Unterschiede auf den Menschen haben. Die für die Genom-Assemblierung verwendete Open-Source Software ist online über Galaxy (https://usegalaxy.eu) verfügbar. Galaxy ist eine webbasierte Datenanalyse-Plattform, die der Öffentlichkeit kostenlos mehrere tausend Analysetools und Workflows anbietet und weltweit eine halbe Million Wissenschaftler unterstützt. Das Team wird weiterhin mit dem Vertebrate Genomes Project zusammenarbeiten, um die Genome von mindestens einer Art aus allen 275 Wirbeltier-Ordnungen zu sequenzieren.

Larivière, D., Abueg, L., Brajuka, N. et al. Scalable, accessible and reproducible reference genome assembly and evaluation in Galaxy. Nat Biotechnol (2024). https://doi.org/10.1038/s41587-023-02100-3

Kontakt:

Dr. Björn Grüning
Leiter des Freiburg Galaxy Teams
Bioinformatik
Institut für Informatik – IIF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: gruening@informatik.uni-freiburg.de

Dr. Anika Erxleben-Eggenhofer
Projektmanagement, Lehr- und Trainingskoordination
Bioinformatik
Institut für Informatik – IFF
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
E-Mail: erxleben@informatik.uni-freiburg.de

Kerstin Steiger-Merx
Referentin PR/Marketing
Technische Fakultät
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Tel.: 0761/203-8056
E-Mail: steiger-merx@tf.uni-freiburg.de

21.02.2024